水磨沟境内有水磨河和季节性的八道湾河。水磨河属于乌鲁木齐河水系的一部分。水磨河发源于博格达山西侧的低山带，由熔岩裂隙溢出泉汇集而成，是一条以地下水补给为主的河流，由东沟、南沟、水磨沟、硫磺沟、苇湖梁沟等支流汇集而成。水磨沟区地表水主要为水磨河水系。其水质好，流量稳定，年径流量为0.404亿立方米。水磨河全长50千米，流域面积500平方千米，浇灌着七道湾和米东区境内的6 700多公顷农田。水磨河位于乌鲁木齐河谷地带，地下水充沛，年补给量约0.97亿立方米。因受水磨沟--白杨沟断裂影响，地下水沿构造断裂裂隙出露地表，在水磨沟形成泉群，汇集成河。水磨沟泉水含有丰富的矿物质，经国家地质矿产部岩溶科研所进行水质分析，定名为“优质饮用天然锶矿泉水”。